Die Kirche ist die bis 1606 von der Familie von Behr erbaute ehemalige Gutskapelle. Um 1870 ließen die Gutsherren Pogge einen Umbau im Stil der Neo-Renaissance durchführen.

In der Verzeichnis des Groninger Organisten Siwert Meijer von 1854 ist eine von Schnitger 1694 neu erbaute Hausorgel "voor Dr.Meijer" mit 8 Registern aufgeführt, die als verloren galt. Vermutet wurde zumindest, dass es sich wegen der zeitlichen Nähe bei diesem "Dr.Meijer" um den damaligen Hauptpastor von Hamburg St.Jacobi, Dr. Johann Friedrich Mayer handeln könnte. Dies konnte 2014 durch eine aufgefundene AKtennotiz im Universitätsarchiv Greifswald nachgewiesen werden.

Mayer nahm seine Hausorgel an seine neue Wirkungsstätte in Greifswald mit. Wie sie aus dem Nachlaß  1741 nach Deyelsdorf kam, ist nicht belegt. Zu dieser Zeit wirkte in Deyelsdorf Pastor Johann Schnabel, der früher einmal von Mayer persönlich ordiniert worden war. Denkbar sind Kontakte zur Familie.

Um 1742 Aufstellung in Deyelsdorf durch vermutlich Christian Weldt aus Grimmen.

Um 1800 Umbau durch wahrscheinlich Friedrich Friese I. Dabei wurde auch das Manualklavier erneuert und wohl auch ein selbständiges Pedal eingebaut.

1878 Umbau durch Friedrich Mehmel, Stralsund. Er baute ein neues Werk mit IP/7, übernahm das Oberteil des Barockgehäuses, die Manualklaviatur, 2 Flötenregister aus Holz und eine Innenpfeife des Prospektprinzipals. Die originalen Schnitger-Prospektpfeifen wurden durch Mehmel ersetzt.

1917 Abgabe der Prospektpfeifen