Diese Orgel ist eine der berühmtesten Schnitgers - nicht zuletzt auch wegen ihrer ungewöhnlichen Stellung im Raum.

Die älteste Nachricht über eine Orgel in der Ludgerikirche stammt von 1566, wo Andreas de Mare, Emden, ein neues Werk baute. Infolge von Kriegsbeschädigungen war 1616 schon wieder ein Neubau fällig, den Edo Evers aus Emden ausführte. Beide Instrumente befanden sich an der Südwand des Chores als Schwalbennest. Nachdem der Versuch, die Evers-Orgel zu vergrößern, gescheitert war, beauftragte man 1686 Arp Schnitger mit einem Neubau.

Um eine bessere Beschallung zu erreichen, baute er das Werk um den Pfeiler herum ins Langhaus hinein. Bemerkenswert ist weiter, dass die Orgel nach allen Seiten einen Prospekt hat und nicht nur bloße Seitenwände. Dadurch konnte und kann sie von allen (zahlreichen) Plätzen optisch und  akustisch räumlich wahrgenommen werden.

Die Restaurierung 1985 hat Maßstäbe gesetzt und eine Klangpracht in vorher kaum vermuteten Ergebnis erbracht.
Es ist die zweitgrößte Orgel Ostfrieslands und die zweitgrößte erhaltene Schnitger-Orgel in Deutschland. Sie besitzt den einzigen originalen Cimbelstern Schnitgers.

Von Schnitger sind:
Gehäuse und Empore, Windladen, 13 Register, Cimbelstern
 

1566-67 Bau einer Orgel durch Andreas de Mare, Emden
1616-18 Neubau durch Edo Evers, Emden, da Kirche und Orgel 1602 durch Truppen stark beschädigt worden waren. Sie besaß 18 Register auf "Grotes Werk", Rückpositiv und Brustwerk, sowie ein angehängtes Pedal. Beide Instrumente befanden sich an der Südwand des Chores. Teile der alten de Mare-Orgel hat Evers 1619 in Osteel wiederverwendet.
 
1653-60 Reparatur und Erweiterung durch Lukas von Königsmarck, Marienhafe wegen neuerlicher Schäden im Dreißgjährigen Krieg
1664 Weitere Reparaturen durch Johannes Pauly, Oldersum, da die vorherigen Arbeiten durch von Königsmarck keinen Erfolg hatten

1686-88 Neubau durch Arp Schnitger, mit 35 Registern auf Werk, Rückpositiv, Pedal und zusätzlich von Schnitger gebauten Brustpositiv. Dabei übernahm er aus der Vorgängerorgel 10 Register von Evers bzw. de Mare, sowie 4 Bälge.
1691-92 Zufügung eines Oberpositivs mit 8 Registern, das Schnitger an die Brustwerksklaviatur anhängte. Die Orgel hatte nun eine endgültige Größe von 46 Registern.
 
1838 Einstimmung in gleichschwebender Temperatur durch Rohlfs & Sohn, Esens
1847-1917 Dispositionsänderungen im Zeitgeschmack, unter Aufgabe von 20 Registern Schnitgers

1864 Neue Balganlage durch Rohlfs, Esens
1888 Neue Klaviaturen und Koppeln durch Johann Diepenbrock, Norden
1897 Umgestaltung der Mechanik und 2 neue Koppeln durch Christian Bruns, Norden

1915 60 neue Registerknöpfe durch Christian Bruns, Norden
1917 Ablieferung der Prospektpfeifen
1919 Neue Prospektpfeifen aus Zink durch Furtwängler & Hammer, Hannover
1930 Erste Restaurierung unter Beratung von Christhard Mahrenholz durch Furtwängler & Hammer, Hannover
Leider wurden dabei die letzten zwei originalen Zungenregister entfernt.

1943-45 Auslagerung des Innenwerks zum Kloster Möllenbeck bei Rinteln
 
1948 und 1957-59 Restaurierungsarbeiten durch Paul Ott, Göttingen
Neue Zusatzladen, Beseitigung der pneumatischen und neue mechanische Traktur, Umintonierung des Pfeifenwerks durch Erniedrigung der Aufschnitte und des Winddrucks
 
1981-85 Restaurierung durch Jürgen Ahrend, Leer, nach strengen denkmalpflegerischen Maßstäben
Dabei wurden rekonstruiert: Die Balganlage mit 3 Keilbälgen und Windkanälen, Tremulanten, Sperrventile, ein Teil der Mechanik, Klaviaturen, Registerknäufe und Schilder, 25 Register einschließlich der Prospektpfeifen